受託解析サービス内容

CAGE
Cap Analysis of Gene Expression

1.解析の概要

  • 1

    ひとつの遺伝子には複数の転写開始点があることが知られています。CAGE法ではそのゲノム上の部位と、それらがどのように選択的に使われているかを解析できます。

  • 2

    次世代シーケンシングにより、RNAの5'端の配列を網羅的に得ることができます。これにより転写開始点ごとの発現解析が可能になります(図3)。また、遺伝子ごとの発現量を求めることもできます。

  • 3

    mRNAの5'端の決定は遺伝子構造解析に重要です。RNA Seqの補完法として、CAGE法はゲノムワイドな遺伝子5'端同定法として活用できます。

  • 4

    多くの場合プロモータは遺伝子の5'端近傍に存在します。CAGE法は転写開始点の同定により、プロモータ解析の手がかりを提供します。

  • 5

    遺伝子発現は主に転写因子により制御されています。CAGE法により検出された転写産物の転写開始点近傍のコンセンサス配列を検索することで、目的の細胞、組織等において発現制御に大きく関わっている転写因子結合モチーフ候補を探索することができます(図4)。

  • 6

    CAGE法ではenhancerRNAを同定することができます。このため、エンハンサの解析が可能です。

cf. Ohmiya et al., RECLU: a pipeline to discover reproducible transcriptional start sites and their alternative regulation 
using capped analysis of gene expression (CAGE). BMC Genomics,15,269(2014)

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2.シーケンス・解析内容

上図を印刷する際は、背景も同時に印刷する設定にしてください。

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3.解析結果例

  • a) プロモータヒット率

    マッピング結果が以下のように表示されます。マッピングした結果をもとにCAGEで得られた、5'端の位置を調べることが可能です。
     

  • b) 遺伝子発現量

    サンプル毎に遺伝子発現の定量値を以下のように表示します。

  • c) 遺伝子発現量比較解析

    GroupAのサンプルとGroupBのサンプル間の遺伝子発現量の比較を相関図と MA-plotで以下のように表しています。

  • d) 遺伝子発現量比較解析

    クラスター結果をDendrogramで表示します。

図をクリックすると拡大します

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4.納品物リスト

以下が納品物の例です。

  1. シーケンシングデータ(塩基配列情報およびクオリティ情報)
  2. マッピング情報データ(リファレンスゲノムにマップされた配列情報と位置情報)
  3. CTSS (CAGE Transcription Starting Site)情報
  4. 遺伝子発現情報(ノーマライズした発現量、結果の信頼性を示す情報)
  5. 遺伝子発現比較解析結果(比較対象との差異量情報;相関図など)
  6. 報告書(サンプル、シーケンスライブラリ、シーケンシングの品質情報および解析結果の説明文書)
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5.ご提供サンプル要件

項目 要件*5
サンプル*1 total RNA
必要量*2 ≧5μg
濃度 ≧1μg/μl
サンプル品質 A260/A280*3 ≧1.8
A260/A230*3 ≧1.8
RIN*4 ≧7
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6.納期・費用

                

解析費用の一例です。納期、及び詳細はお問い合わせください。

                                                                                        
CAGE シーケンス 解析仕様の一例
ライブラリ名称 CAGE ライブラリ
サンプル数 8 mix/ライブラリ
使用するシーケンサー HiSeq 2500
シーケンス*1 50bp Single read
リード数の目安*2 15ミリオンリード/サンプル
価格(税込) *3 960,000円/8サンプルまで (120,000円/サンプル)
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7.お問い合わせ先

  • 当研究チームでは、医科学研究に資する、主として高等動物のゲノム、トラ ンスクリプトーム等の解析について、 共同研究もしくはそれにつながる高度技術支援を優先して実施しております。
  • 市中のシーケンスサービスプロバイダーが提供している、通常の解析をご希望 でしたら、それらのサービスのご利用を検討ください。
  • 費用、納期の確認を、主な目的とするお問合わせも、ご遠慮ください。
  • 理化学研究所

    生命医科学研究センター 応用ゲノム解析技術研究チーム

  • 【所在地】

    〒230-0045 神奈川県横浜市鶴見区末広町1-7-22

  • 【TEL】

    045-503-9237

  • 【E-mail】

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