titleEvents scheduled

2017.12.5 - Open Technical Exchange Forum 'Kobe NGS Day'

2017年12月5日(火)技術情報交換 フォーラム 「Kobe NGS Day」

メ インプログラム 13時半~19時。メインプログラム後に交流会を開催。
メインプログラム・交流会ともに参加費無料

開催場所:
理化学研究所 多細胞システム形成研究センター(CDB) C棟1階オーディトリウム
ポートライナー「医療センター」駅より徒歩5分 CDB C棟正面玄関よりお入りください

ポスターを ダウンロード

プログラムをダウンロード

参加登録は こちらから 

アカデミックトーク:
荻島 創一(東北大学 東北メディカル・メガバンク機構 准教授)
関 由行(関西学院大学理工学部
准教授

ファシリティ紹介:
門田 満隆 & 工樂 樹洋 (理研CLST DBDI 分子配列比較解析ユニット in 神戸 )
眞鍋 理一郎 (理研 CLST DGT ゲノムネットワーク解析支援施設 (GeNAS) in 横浜)


コマーシャルトーク:

アクティブ・モティフ 
イルミナ 
オックスフォード・ナノポアテクノロジーズ 
タカラバイオ 
日本ジェネティクス


協賛(順不同): アクティブ・モティフ  イルミナ  オックスフォード・ナノポアテクノロジーズ
タカラバイオ  日本ジェネティクス バイオ・ラッド  マクロジェン・ジャパン  羊土社

主 催:理研CLST DBDI 分子配列比較解析ユニット


2016. 11. 1/2 - NGS Core Facility Manager Fostering Workshop

NGS コアマネージャーワークショップ
NGS Core Facility Manager Fostering Workshop
~だれも教えてくれない持続の秘訣とは ?~

主催: 理化学研究所 ライフサイエンス技術基盤研究センター(CLST)
     分子配列比較解析ユニット
日時: 2016年 11月1日(火) 10時~17時 および 2日(水) 10時~15時
場所: 理化学研究所 神戸CDB (ポートライナー「医療センター」駅下車徒歩5分)
参加費: 無料

開催主旨: 
技術への大きな期待とは裏腹に、ニーズの集中するコア施設の運営は、
任された側が手探りで進めざるを得ないのが現状ではないでしょうか。
本ワークショップは、不安を抱えているNGSコア施設のマネージャーが
効率的な運営とデータ取得のための様々なノウハウに触れられるよう、
その似た役割を持つ方々同士で情報交換できる場を提供します。

内容: 
参加者の予備知識や状況に可能な限り対応しますが、
おもに理研CLST分子配列比較解析ユニットのリーダー・スタッフによる
チュートリアルで構成する予定です。ライブラリプレップやシークエンス操作の
実務指導は今回は行いません。当ユニットの活動内容や実績については、
研究室ホームページ http://www2.clst.riken.jp/phylo/ をご参照ください。

  扱うおもなトピック
   ・状況に合った運営ポリシーとは?
   ・最適なプロジェクトデザインを提案するために
   ・目的に合ったライブラリプレップとは?
   ・ライブラリプレップのコストダウン
   ・シークエンス前に問題を発見できるか?
   ・相乗りを含めたランのデザイン
   ・インフォマティクスとの向き合い方

参加条件:
立ち上がって2年以内の学術機関(研究所、大学等)の共通支援施設にて
現場実務を行う長、あるいは、長から指名を受けた方(施設自体は2年以上前から
稼働しているが勤務開始から2年以内であるという方も可とする)。
参加にかかる費用(旅費・宿泊費等)を負担でき、2日に渡るプログラムに
フル参加可能な方。

応募方法:
氏名・所属・職名とともに、次の質問項目への返答をメール本文に含め、
gras-contact@riken.jp までお申し込みください。参加の可否は後日メール
にて通知いたします。
①参加理由を教えてください
②配備されている次世代シークエンサを教えてください
③よく利用される解析タイプ(RNA-seq, ChIP-seq, SNP検出など)を教えてください
④とくに学びたい、あるいは、情報交換したいことがあれば教えてください
⑤バイオインフォマティクス解析の実績・予備知識について教えてください

応募締切:
2016年 10月7日(金) 正午


2016. 3. 3/4 - NGS hands-on tutorial

~NGSライブラリプレップ実習~
'Preparation of strand-specific libraries for RNA-seq on illumina sequencing platform'

発現定量やde novoシークエンスそれぞれに適したライブラリとは?目的に応じたプロ トコールの最適化とは?
ライブラリインサートのサイズ分布をあやつりながらPCRバイアスの少ないRNAライブラリ(イルミナ対応)
を作製するためのコツをガイドします。

There are quite a few unwritten secrets for successful NGS-based analyses, such as tweaking
in DNA size distribution and minimizing PCR duplicates. This course will introduce tips for
optimizing library preparation for variable purposes of RNA-seq, such as gene expression
quantification and de novo sequencing.

Date: March 3rd & 4th, 2016
Place: RIKEN CDB in Kobe Port Island, Building C 2F

Schedule:
Day 1 (March 3rd): 13:00 - 19:00
Course overview
Introductory lecture
Library prep (mRNA capture, 1st strand cDNA synthesis, 2nd strand cDNA synthesis)
Day 2 (March 4th): 9:30 - 17:00
Library prep (adaptor ligation, PCR cycle pre-determination, PCR amplification and purification)
Library QC
Discussion

Kits and samples used:
Library preparation kit: KAPA stranded mRNA-seq kit, Cat. No.: 8420 (KAPA biosystems)
Adaptors: SeqCap adapter kit, cat: 07141530001 (Roche diagnostics)
RNA sample: mouse total RNA (1 ug) provided by the organizer (you may use your own RNA sample)

You are eligible to enroll,
1) if you can attend the entire course (2 full days)
2) with approval by the head of the working group you belong to
上記2点を満たせる方に限ります。

Open slots: 5 persons (chosen on first-come-first-served basis; only one person per lab)

Language: English (and Japanese)

Sponsors (協賛): 日本ジェネティクス、アジレントテクノロジー、ロシュ



2015. 10. 9(Fri) - Sequence Informatics Afternoon (Lectures in Japanese)

pic

Room: E206 on 2nd floor of Building D

Program:

14:30- Introduction (by Shigehiro Kuraku)

14:40- Guide to expermental plan and data analysis of RNA-seq (by Yuichiro Hara)

15:15- NGS application: one step further (by Osamu Nishimura)

16:00- Introduction to ChIP-seq, from sample preparation to data analysis (by Mitsutaka Kadota)

16:25- Questions & Answers

Please feel free to enter or leave the room anytime during the tutorials.



2015. 6. 16(Tue) - RNA-seq data analysis tutorial (Lecture in English)

Room: E206 (CDB Building D, 2F)

Program

13:30- Introduction (by Shigehiro Kuraku)

13:50- Lecture (by Munazah Andrabi)

14:30- Questions & Answers

 


2015. 1. 20(Tue)/21(Wed) - NGS Library Prep Hands-on Course

「NGSライブラリプレップ実習」

どうしたら限られた大事なサンプルから効率的に偏りのないデータを得られるのか、自分で深く
考えたい方のためのハンズオン実習です。DNAの断片化から作成したライブラリのQCまで、
特定のキットやアプリケーションだけでなく、多様な状況に対応するためのノウハウを提供します。

2015年1月20日(火)13:00 - 18:00 & 21日(水) 9:30 - 18:00
開催場所: 神戸ポートアイランド 理研CDB C棟2階

おもなトピック:  
・とにかくバイオアナライザ
・増やしすぎないために
・イルミナシークエンサとの相性を考える
・シークエンス前に気づけるか?
・読めただけで満足してはいけない
・プロトコルはいじるためにある

使用する ライブラリ作成キット: KAPA Low-throughput DNA Library Preparation Kit
使用するサンプル:主催者側で用意するDNA (1ng) (持ち込みは不可)

参加条件:
ChIPサンプルをはじめとする微量DNAを用いたシーケンスライブラリ作成の着手・改善を目指す方
全日程参加できる方
実習参加について所属研究室長の許可を得ている方

定員: 5名 定員に達し次第締め切ります。1研究室から1名のみ受け付けます。

使用言語: 日本語
協賛: 日本ジェネティクス、アジレントテクノロジー
企画: 理研CLST 分子配列比較解析ユニット(通称GRAS)


2014. 10. 30 (Thu) - Just after the annual meeting of Bioinfowakate 生命情報科学若手の会

参加ご希望の方は、下記の質問フォームを本文に貼り付け、件名を「オープンラボ参加希望」とし、Eメールで
shigehiro.kuraku [at] riken.jp までご連絡ください。先着15名様まで受け付けます。

氏名:
所属:
希望理由:
運営面もしくは技術的な質問(もしあれば):

 

さらに過去の実習等の開催履歴についてはこちらを ご覧ください。

Copyright © 2012 GRAS All Rights Reserved
HOME